在额度控制机制方面，沪港通实行每日额度盘中实时控制和总额度收盘后控制。

关于每日额度控制，就是两交易所证券交易服务公司在交易中对订单进行监控，根据买卖订单申报、订单撤销及成交结果等实时计算当日额度余额(其中，当日额度余额的初始值为每日额度值，即沪股通是130亿元人民币，港股通是105亿元人民币)。每日额度控制机制在不同的交易时段略有差异：在上交所集合竞价阶段(或联交所开市前时段)内，当日额度余额用尽的，联交所证券交易服务公司(或上交所证券交易服务公司)将暂停接受该时段后续的买单申报，仅接受卖单申报;此后，若在该时段结束前有买单申报撤销导致当日额度余额大于零的，恢复接受后续的买单申报，直至额度再次用尽。在上交所连续竞价阶段(或联交所持续交易时段)内，当日额度余额用尽的，联交所证券交易服务公司(或上交所证券交易服务公司)将不再接受新的买单申报且当日不再恢复接受，而仅接受卖单申报。

关于总额度控制，在收盘后根据当日买卖成交净额及上一交易日总额度使用情况计算出总额度余额(总额度余额的初始值为总额度，即沪股通是3000亿元人民币，港股通是2500亿元人民币)，如果总额度余额小于一个每日额度，那么下一交易日将暂停接受买单申报，但仍接受卖单申报;直至因有足够卖单成交使该余额大于一个每日额度时，下一交易日恢复接受买单申报。